По состоянию на 1 января 2009 г. в учреждениях УИС содержалось 887,7 тыс. человек, в том числе в 758 исправительных колониях - 734,3 тыс., 225 следственных изоляторах, 7 тюрьмах и 164 помещениях, функционирующих в режиме следственных изоляторов - 144,9 тыс. человек, в 62 воспитательных колониях для несовершеннолетних - 8,5 тыс. человек. В учреждениях содержится 68,3 тыс. осужденных женщин, при женских колониях имеется 12 домов ребенка, в которых проживает 797 детей.

Медицинское обслуживание осужденных и подследственных обеспечивают 131 больница различного профиля, а также медицинские части или здравпункты в каждом учреждении, 59 лечебных исправительных учреждений для больных туберкулезом, 9 лечебных исправительных учреждений для больных наркоманией.

В состав УИС входят также 2440 уголовно-исполнительных инспекций, в которых состоят на учете 558,3 тыс. человек, осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы.

Производственный потенциал УИС составляют 262 федеральных государственных унитарных предприятия, 495 центров трудовой адаптации осужденных, 37 лечебно-, 34 учебно-производственных мастерских.

При исправительных и воспитательных колониях функционирует 309 вечерних общеобразовательных школ и 482 учебно-консультационных пункта, 334 профессионально-технических училищ, действуют 464 храма, 722 молитвенных комнат.

Штатная численность персонала УИС составляет 327,9 тыс. человек, в том числе аттестованных сотрудников - 266,5 тыс. человек.

Медицинское обслуживание личного состава осуществляют 47 учреждений здравоохранения, в том числе 25 центров медицинской и социальной реабилитации, 13 больниц, 6 военно-врачебных комиссий и 3 санатория.

В составе УИС действуют 8 высших учебных заведений (с 7 филиалами), в том числе Академия права и управления Минюста России, 74 учебных центра, институт повышения квалификации, научно-исследовательский институт уголовно-исполнительной системы, научно-исследовательский институт информационных и производственных технологий с филиалами в городах Иваново, Владимир, Челябинск, 2 кадетские школы-интерната: "Московский кадетский корпус юстиции" и "Симбирский кадетский корпус юстиции".

Имеется Объединенная редакция, издающая журналы "Преступление и наказание" и "Ведомости УИС", газету "Казенный дом".